Sau khi bị bãi nhiệm tại Đài Loan, Trần được cử làm cố vấn cho chính phủ. Tháng 6 năm 1948, ông lại giữ chức Chủ tịch tỉnh Chiết Giang. Tháng 11, ông cho thả hơn 100 tử tù Cộng sản. Tháng 1 năm 1949, thuộc hạ của ông là Thang Ân Bá mật báo cho Tưởng Giới Thạch rằng Trần đã khuyên ông ta nổi dậy chống lại Quốc dân đảng. Tưởng lập tức cách chức và cho bắt giữ Trần với tội danh thông đồng với Cộng sản. Ngày 30 tháng 5, Trần Nghi bị đưa Đài Loan giam giữ; sau đó ông bị xử tử tại Mã Trường Đình (馬場町), Đài Bắc, và được chôn cất tại Ngũ Cổ, Tân Bắc ngày nay.